據中央社十月報導，在二千零一年三月五日接掌行政院環境保護署署長的郝龍斌，今天下午宣佈辭職，主要原因是他所主張公投法應將環境影響評估結論排除在外的理念，遭到行政院的否決。

先前因北宜高速公路坪林交流道，經公民投票結果贊成開放，郝龍斌則認為開放將影響大台北地區飲用水水源，反對開放此一交流道，且公民投票沒有法源依據，民意也不應凌駕專業，他認為此一結果若造成骨牌效應，對台灣的環境絕對是一大危害。

之後此一議題便持續延燒，同時陸續有地方舉辦諮詢性的公民投票，包括興建焚化爐、垃圾場等議題列入公民投票議題。

郝龍斌在日前公民投票法草案送交立法院前，明確表達希望將已經有環評結論的開發案，不應納入公投項目，但此一說帖並未被行政院接收，今天更在行政院院會中，遭到直屬長官行政院長游錫（方方土）否決，認為專業不能凌駕民主。

郝龍斌在返回環保署後就十分低調，並停止對外聯繫，並與機要秘書們展開會議，同時在下午四時許通知公關室六時召開記者會，五時四十五分則是召集相關一級主管召開臨時主管會報，宣佈他的決定。

郝龍斌在任內主要政績是推動限用塑膠袋和免洗餐具政策，推動河川整治年，取締地下油行等。